其实永历帝对明磊的猜疑很早就有了，特别是进入1647年以后，广东简直是水都泼不进去了，一切以明磊马首是瞻，俨然一个独立王国。历史有时总是重复过去的错误，当永历帝觉得自己奈何不了明磊，整天在明磊的阴影下生活时，他头一个想到的又是何腾蛟。
而永历帝最信任的两个人：锦衣卫都指挥使马吉翔、大太监王坤，一个原是明磊的老部下，对这位上司忌惮异常；一个在两广太监圈子里一呼百应，偏偏只有一个小德子处处和他较劲。永历帝在这两个人的撺掇之下，也觉得广西地广人稀，蛮夷满目，实在不是什么龙兴之地，觉得还是移驾湖南长沙为好。
此时的何腾蛟，也觉得永历帝远非隆武帝可比，是个比较好相与的主子，来到自己这里，大可挟天子以令诸侯。于是，也是少有的热乎起来。
明磊当然是第一时间知道的这个情报，“去湖南？”明磊乐了，只对众人说了一句，“天要下雨，娘要嫁人，随他去吧。”便下令不闻不问了。
而此时真正忧心忡忡的只有东阁大学士，首辅瞿式耜一个人了。但谁不知道他和明磊的关系亲密，心里已然有了芥蒂，再怎么表白皇帝陛下也不会相信啊！
于是，瞿式耜亲自跑来见明磊了。明磊看着满身满脸都是泥点的瞿式耜，笑了，“都说稼轩（瞿式耜的号）有洁癖，这是怎么了？太阳从西边出来了？”
瞿式耜可不觉得有什么好笑的，一脸的严肃，皱着眉头说道：“行了！赶快让我沐浴更衣，完事我有话对你说。”说着，也不看明磊，自己大步走进了总督府。
等俩人在书房坐定，瞿式耜劈头就问：“说罢！你葫芦里到底装的什么药？”
“什么啊？首辅大人说的这是什么啊？”
“少装蒜！我说的你能不懂？别跟我说，圣上要移驾长沙你不知道的谎话。”
明磊将手一摊，“圣意已决，也是你我能改变的？我们还是要严守为臣之道，圣意天裁的为好！”
看着笑眯眯的明磊，瞿式耜的火一下被拱了起来，“孔有德的数万大军旦夕就要到达湖广了，湖南的门户新墙距离长沙不过二百里，军情紧急，你瞪眼看着圣上赴险地，这也是为臣之道？”
“照你这么说！李成栋打广东时，桂林离梧州也不过几百里，怎么就成了险地了？再说，何腾蛟号称有三十万大军，除去吃空饷的，怎么也有十五万吧，孔有德区区四万人马，何足挂齿！再加上圣上在后方督战，说不定一战可下湖北，亦未可知呢？”
“放屁！”瞿式耜少有的开始说粗话了。“这全是王坤那个太监的浑话。谁不知道何腾蛟言过其实，原本一个不知兵的文官，手下的藩将全是一帮扒拉不动的骄兵悍将，怎么会是清军的对手！”
明磊噗哧一声笑了出来，他知道，瞿式耜的这番话是指去年新墙之役，何腾蛟的数万大军被清军的几百骑兵杀败的笑话。
1646年的六月，清军很轻松的拿下新墙。新墙可以说是湖南的门户，见清军不多，又没有乘势南下，九月，何腾蛟、章旷自领亲兵，再加上王进才部新营陆军、王允成部水军，浩浩荡荡水陆并进杀奔新墙。王进才部原李自成的部下，作战勇猛，率先夺回新墙。
见清军不过如此，何腾蛟命王进才断后，章旷领大军乘胜进攻岳州。可还没到岳州，清岳州守将马蛟鳞只是派了副将李显功领六百骑兵迎敌。可笑在万由桥一战就击败何腾蛟数万大军，并乘势追杀了五十里。
何腾蛟领军退回新墙，不说自己的亲兵懦怯无能，竟合谋串通将岳州兵败说成是因为王进才贼性不改，所部在战场上挣抢清军马匹所致。王进才孤立无援，有口难辩，畏惧朝廷的处罚，竟率部降清去了。
而多尔衮接到征南大将军博洛平定浙江的捷报，为了加速征服南明，又恐北方兵力空虚，于是在1646年的八月十五日下诏，派遣远在辽东的恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明、智顺王尚可喜、续顺公沈志祥、右翼固山额真金励、左翼梅勒章京屯泰（后改名佟养和）各自统领本部兵马南下，进攻湖广、两广，孔有德为平南大将军节制各部。
孔有德等人从辽东跑到北京受了诏命后，又返回辽东收拾兵马，所以直到1647年的二月才起兵出发，五月才赶到湖南岳州。
瞿式耜到底算是一个出色的人物，刚才只是一时的急火攻心，现在见明磊很是沉得住气，也反应过来，端起茶杯喝了一口，“璞麟早有计较，是不是？”
明磊点点头：“不错！周公恐惧流言日，王莽礼贤下士时。有些时候，这忠奸之辨，很是难决啊！万岁临朝时日尚短，国家又是如此的残破，这兵戈之祸也绝非几年就能停下来的。
要是太平时日，今上宽厚仁爱，有稼轩这样的大臣，必是一代明君。可现在，治国安邦需要的却是主上的杀伐决断、处乱不惊的变通之术，这些，你凭良心说，主上有吗？
所以，必须要让主上经过些事故，借以磨炼心志，增长见闻，这些可不是你能教的不是?”
“璞麟的意思，是不是索性由着圣上折腾一回，让他也感受一下，人心的险恶。老是在你我的眼皮底下，是没有什么风浪的。”
明磊两手一合，“痛快！真是知我者，稼轩也！”
瞿式耜撇撇嘴，“算了吧？说得好听，谁知道你到底打得什么主意！”
明磊两眼一瞪，“你这是何意！我可以用仁慈的上帝的名义起誓：璞麟如有贰心，天诛地灭！
你也不想想，当年隆武帝要移驾湖南，他何腾蛟是个什么态度，提起来我就想杀了他！现在呢，他是多积极啊！为什么就不用明说了吧？
所以说，现在的圣上好似一个宝贝，人人都想据为己有，而璞麟我却往外推，这还不能体现我的忠心吗？放心，我的所作所为都是为了圣上好，不过少人理解罢了，反正我是问心无愧就是了！”
瞿式耜愣愣地看着明磊，半天才说：“周璞麟，你要不是我朝的第一忠臣呢，就是第一大奸臣，我是分辩不出来了。
不过，你眼看着圣上步入险地，就不担心吗？万一何腾蛟挟天子以令诸侯，我们又当如何呢？”
“放心吧！你看不出何腾蛟根本不是孔有德的对手吗？用不了多久，他就会跑到你广西来的！”
“可！如此湖南不就沦陷了？那圣上不就危险了？”
看着瞿式耜焦急的样子，明磊一皱眉，“真是的，皇上不急，急死太监！至于吗？咱们圣上别的本事没有，依我看，却有着与生俱来的逃生天赋，一定能平平安安地回到桂林的。”
见瞿式耜还是一副忧心的样子，明磊笑着过去一把拉起他，“行了！好不容易见一面，少招我不高兴！走，吃酒去！”
谁知瞿式耜冷不丁突然冒出一句，“我现在倒是希望何腾蛟在湖南被孔有德抓住，那还有一线生机；要是千辛万苦地逃到广西，终究会做了你刀下之鬼，对不对！”
明磊的眼角不由自主地一跳，但什么也没有说。
1647年的5月16日，孔有德三王开始进攻新墙，到了25日，短短的十天光景，别说新墙，就是长沙都被占领了。孔有德占领长沙以后，为解除两翼的威胁，在湖南站稳脚跟，派耿仲明急攻湖南巡抚堵胤锡的治所常德府，尚可喜领兵直捣黄朝宣驻守的攸县、衡阳；孔有德领中军南下进攻武冈。
孔有德的清军几乎兵不血刃的就占领了湖南的大半，但盛夏时节，清军不耐酷热，只好在原地避暑，暂时停止了进攻。何腾蛟、章旷逃到了永州，八月，羞愤交加的章旷病死了。中秋以后，金秋送爽，孔有德又开始向永州进攻了，并迅速占领了湖南全境。
永历帝本来是要去长沙的，但在桂林磨蹭的太久，一天又走不出三十里，四月初六才挪到广西的门户全州。到了全州以后，这里已是军阀刘承胤的势力范围。刘承胤善使一条铁棍，人称“刘铁棍”，原为黎境参将，崇祯十六年因从农民军中救出岷王世子，升任副总兵，镇守武冈。1646年7月，隆武帝加封他定蛮伯，从此拥兵自重。
1647年的4月15日，听闻永历帝到达全州，刘承胤立时上疏迎驾。听说孔有德的大军已经过了长江，朱由榔就有些不敢到长沙去了，但就此退回桂林，脸面上实在有些过不去。见了刘承胤的奏章，朱由榔觉得总算实现了移驾明诏里御驾亲征湖广的诺言了，也不多想，就稀里糊涂的被迎到了湖南的武冈府，并以岷王府为行宫。刘承胤迎驾有功，晋封武冈侯。随永历帝迁入武冈的除去锦衣卫都指挥使马吉翔，尚有大学士吴柄、陈子壮、吏部尚书李若星，兵部左侍郎傅作霖，户部右侍郎管湖广布政司事的严启恒等。五月，得知孔有德到了岳州，永历帝正式改武冈为奉天府，在此督战了。可惜督战的头一道诏书竟是晋封刘承胤为安国公。
六月间，何腾蛟兵败，总算有了跑到奉天府来见驾的名目了。此时的时局，远非几个月前可比了，刘承胤见何腾蛟兵败，对永历朝廷也开始骄横跋扈起来，竟要求改任何腾蛟为户部尚书专管粮饷，解除他督师的职务。刘承胤到现在名义上也还是何腾蛟的部下，何腾蛟对刘承胤的威福自操当然非常不满了。
永历帝拒绝了刘承胤的无礼要求，他仍然不死心，居然面见何腾蛟索取督师敕印。大言不惭地说：“今督师非我莫人能为也！”
何腾蛟很是油滑，很痛快地答应了下来，但推说敕印不能私授，须皇帝的旨意才可以办理交接手续。刘承胤怎么能不心知肚明何腾蛟的本意，也不再逼迫，开始安排在何腾蛟辞朝后半路袭击之。
何腾蛟打不过清军，还斗不过一介武夫吗？他推病不上朝，揣摩圣上也有了退回广西的意思，先是迎合朝臣们回驾桂林的呼声，上疏道：“使武冈果有山川之险，兵甲之雄，栗米之富？然未有处一隅而能图四海之大者，况堂堂天子呼？今日移驾大事，听皇上自择自行，敢有议迎留者，应当众戳之！”
争取了朝廷的好感和信任，复上疏，请将赵印选、胡一青的滇军拨给自己做督师亲军，得到永历帝的批准。于是，何腾蛟带着这三千精锐驻扎在武冈城外，几天后，突然连夜逃跑了。
第二天，刘承胤得到消息，还没来得及派兵追赶，就得到张先壁带着数万人马败退回来的消息。又听说何腾蛟也到了张先壁的营中，复打出督师的旗号，向武冈城杀来。刘承胤慌了，迫使永历帝下诏制止何腾蛟进城。何腾蛟、张先壁大怒，指责刘承胤劫驾，刘承胤则反斥何腾蛟为犯上。
此时，孔有德大军已在百里之外的消息传来，刘承胤害怕了，趁夜裹着永历帝和满朝文武连夜离开武冈，逃到了广西的全州府。何腾蛟等也没有时间追击了，进入武冈城就着手准备迎敌了。
九月，武冈、永州治所零陵相继失守，刘承胤派部将陈有龙进入湖南的永州地区迎敌。两军在斗溪铺大战一场，参将蒋虎、孙华、张承明、张大胜、聂鸣鹤俱战死，陈有龙领着不到百人跑了回来。刘承胤的心思开始活动了，竟派陈有龙复去请降。
孔有德见到刚才还浴血奋战的陈有龙，怎么看都觉得其中有诈，还说什么要献上永历帝做见面礼，天下竟有这等好事？好在孔有德只是拒绝，没有当场杀了陈有龙。
刘承胤有些急眼了，一面下令全州城门严加看管，防止永历朝廷出逃；一面自己剃头留发，亲自前往孔有德的大营接洽。
应该承认，朱由榔在逃命这件事上经验丰富，确有非凡的天赋。他知道现在的岷王是刘承胤的女婿，趁着刘承胤不在，兄弟刘承永巡城的时机，由岷王带着，亲自跑到刘承胤的府邸来见刘母。
面对跪在下面，一把鼻涕一把泪、没有一丝皇帝尊严的朱由榔，刘母终于被说动了。她亲自带着永历帝来到南门，以死相逼，喝令刘承永打开城门，放永历帝出城。
在总兵官侯性和马吉翔的保护下，永历帝带着太子逃了出来。见永历帝跑了，刘承永也就不再为难满朝的文武了，得到消息的大臣们保着朱由榔的家小也逃出全州，跑回了桂林。
永历帝见到留守桂林的瞿式耜，很是恼怒，竟没有一丝的反省，依然不听他的苦劝，等着家小到了桂林，就一溜烟地跑到了梧州。
何腾蛟经营湖南一年多，兵员多到号称十三镇，又提拔了一批自己的亲信出任总兵、知府等职，到头来，不仅没有收复湖北寸土，反而在四万清军的南下时全盘瓦解。据多尔衮收到孔有德的报捷奏章：除去郝摇旗（郝进忠）在桂阳，张先壁在沅州、武冈的抵抗外，南明将领非降即逃。投降的不仅有大明安国公刘承胤，封为伯爵的王进才、刘承永、董英、高清浩、郑其英，还有总兵官四十七员，以下官员二千余人，马步兵十万有奇。
全州投降以后，何腾蛟跑到了兴安，立即以督师的名义发出檄文，命令各路将领奔赴兴安堵截由全州南下桂林的清军。郝永忠、李赤心、高必正、卢鼎、张先壁、赵印选、胡一青先后云集到了兴安。
孔有德的大军到达了兴安之后，一面命手下猛攻，一面派出六百骑兵、三千步兵的部队，走山间的小路，绕到兴安背后，直接进攻桂林。瞿式耜接到警报时，明磊的大军还在梧州，桂林只有几千新军。
得知清军攻来，同瞿式耜一同留守桂林的侍郎朱盛浓、巡按御使辜言泰、广西布政使杨垂运等竟声称要向明磊求援而集体未战先逃了。于是，桂林城中惊慌一片，大小官吏、士卒、百姓纷纷逃离。等城中平息下来，瞿式耜再看看，身边只有焦链所率的亲兵卫队300人了。
此时，瞿式耜反倒不惊慌了，命家人搜尽家藏，甚至将夫人邵氏的首饰也献出来，分发给这三百士卒，以振士气。但桂林城毕竟太大了，别说城墙了，就是分兵把守几处城门，这点兵力也象撒下芝麻般，没有什么作用的。所以，焦链只是将这三百人聚在城中。
清军数百骑很轻易地突入文昌门，迅速登上城楼。瞿式耜闻讯，一路飞跑，疾呼焦链迎战。
焦链骁勇善战，来不及披甲，干脆将上衣也脱了，**着上身，将大刀背到背后，飞身上马，抓起一把硬弓就冲了出去。到了城楼下，焦链挽弓就射，一连射倒七八个清军。清军见城下只有一个光着上身、满脸虬须的黑大汉，于是招呼一声就下城围了上来。焦链也不惊慌，边跑边射，见追近了，一声大喝，甩手丢了硬弓，拔出大刀，回马高速冲进人群，一直从对头杀到队尾。一个冲刺，就斩杀了数名清骑。
焦链的亲兵事先得了焦链的将令，并没有急着冲来杀入战团，而是趁着清军远离城门的功夫，合力将城门关闭了。
清军主将是个新降的姓楚的汉人，知道桂林城中的是瞿式耜，粤军数万人必要来援。原本急急忙忙赶路的时候还没功夫多想，但一旦到了城外，看见桂林城头空空挡挡，而自己这几千人又在十万计的明军大包围圈之中，“是啊！谁叫自己是新来的，所以这等有来无回的活计都是自己的了！”有了这样的觉悟，楚将军越发小心了，既然不知道桂林城中的明军到底有多少，当然怕有埋伏了，但又怕中了空城计。
于是，这才派了两名佐领带着全部六百骑兵前来试探。主将如此，当兵的也受到了传染。这些清骑闯入桂林城，也是战战兢兢的，所以两个佐领一看城门被数百明军关闭，还以为城头也埋伏了千军万马，也无心围攻焦链了，更不敢反身复夺城门，竟象没头的苍蝇似的向城中冲去。于是，焦链很轻松地带着手下象赶鸭子似的追得这些清骑在城中乱窜。
古代的冷兵器时代，交战全凭士气，没有士气的清骑的下场可以预见。只用了半个时辰，这六百清骑就被焦链的三百亲兵绞杀殆尽。此时，瞿式耜又给焦链出了个主意，换上清军的衣服、马匹、兵器，趁着黄昏偷袭城外清军的大营。
此时，已经夕阳西下了，清军正在吃晚饭。放哨的哨兵见数百清骑从桂林城中冲了出来，很是诧异，细心的数了数。真是的，去时有六百人，也没听到什么打斗的声音，回来怎么就不足三百人了？折了一半的人手，看他们怎么向楚将军交待。
焦链的人马很轻松的逼近清军大寨，直到大门前，也没有人搭理他们。待到进了辕门，焦链一声大喝“杀！”百人回应，并跟着直接冲了进去，无不以一当百。顿时，清营喊杀声震天，人砍马踏，清军损伤不下千人。那位过于谨慎的楚将军带着手下向北遁去。焦链杀得兴起，哪里肯放走他们，竟也放开手脚竟一气追出了四十里，最后竟收拢了二千多降兵。
楚将军带着几百人跑回兴安，被孔有德当即削首示众了。明军由此取得了第一次桂林保卫战的胜利，算是初战告捷！