“三里桥大捷”只能算是第二次桂林保卫战的**，战斗结束的最终标志还是要等到攻克全州。
孔有德当初领着四万三千大军从全州出发杀奔桂林，如今逃回全州的虽说有两万人马，但多是南明的降兵，真正南下带来的精锐，只剩下不足万人了，其中只有不到三千骑兵了。
而现在加上屯泰的镶白旗三千精锐骑兵、一万二千降卒，全州城不过三万五千人马，但骑兵总共不超过六千人。从正德年间由湖广道划入广西道以来，全州就作为湖广通往广西的门户，累世扩建，到了明末，全城鼎盛时有将近十万人口，俨然一个军事要塞。但最要命的是九月何腾蛟在全州死守的时候，孔有德竭尽全力的攻城，红衣大炮狂轰了整整两天，城虽然攻克了，但损毁严重，等孔有德撤回来时，东北角的缺口才补了一丈多高。
孔有德一见就急了，“不是让尔等加紧修复吗？”
屯泰被说得一愣，不禁哼了一声，心里话，谁知道你能大败而归？屯泰是满人，自然骄横了一些，但偏远巡抚李懋祖可是汉人，就没有这个胆量了。赶紧跪倒，“王爷！一经战火，全城两万户百姓全跑光了，到现在，十停刚刚回来两停，四门损毁严重，下官已经将老幼妇孺悉数赶到城墙上来了，但进展缓慢，实在是困难重重啊！”
一见屯泰脸露轻慢之色，孔有德不由得怒火万丈，听了李懋祖的话，还算比较合脾胃，也知道自己打了败战理亏，也就没有发作。点点头，道：“李大人的难处本王了解，这样，三万多军兵悉数听你调遣，一定要在两日内将城墙筑好，如何？”
正在孔有德全城军民齐动手的当口，明磊也早早地从兴安出发。
著名的连接珠江水系和湘江水系的灵渠有一条分支从兴安城中流过，三里多长的河道两侧商铺密集，这条水街号称桂北第一街。随着清军的撤走，一些胆大的百姓陆陆续续地开始返乡了，见到明军少有的军纪严整，对他们也是很和气，一切都讲究公买公卖，渐渐胆气就壮了，回乡的人也越来越多。于是，没有两天的功夫，明磊的大军很快就筹到了一批船只，再加上孔有德没来得及带走的战船，将大炮和辎重启运所需的船只绰绰有余，最后还有不少陆军也搭上了船只。沿着湘水逆流而上，的确省去了很多麻烦，急行了一天一夜，全军就赶到了全州城下。
全州城的西边有灌水，东边有湘水，城池就建在两条大江的中间，坚固的城墙既可御敌，又可防洪。明磊就选在城的西南方，背靠着湘水扎营了。
全州城实际比桂林小了许多，明磊带来的五万多人马这一扎营，竟从西门蔓延到了东门，一时间人喊马嘶，声势震天。
孔有德带着众将站在西门的门楼上远眺，见到明军队如此声势，除去三王几个为首的尚能神态自若，其余各人都变颜变色的。
估计今夜明军是不会攻城了，孔有德忧心忡忡地下城回到全州的府衙。中军官给准备的晚饭还是很丰富的，但孔有德愣愣的基本没有动筷子，此时，耿仲明不声不响地溜了进来。孔有德翻了耿仲明一眼，下巴微微扬了一下，算是打了招呼。
耿仲明也不客气，将椅子直接拉到孔有德身边，这才落座，对着孔有德的耳朵小声说：“大哥可是为守全州忧心？”
“你说呢？”
“刚才您也看到了，明军此来，士气高昂，还带着不下五十门的重炮，这全州城已经被咱们轰过一遍了，到现在还没有修复，怎么能经得住这第二次的狂轰？我说，根本没法守！”
孔有德意味深长地看着耿仲明，“你我相交几十年，我还不知道你？是不是又要逃啊？”
“瞧您说的，现在咱们好歹也是王爷千岁，怎么能叫逃呢？真要那样，还不叫天下人耻笑咱们？”
孔有德无奈地笑了，“说罢！又想搞什么鬼花活儿了？”
“其实摄政王给咱们的旨意写得明白，只是让咱们平定湖广，可没说平定广西。这把守全州的差事原本应该是他偏远巡抚李懋祖的职责。依我看，一旦全州失守，明军必然乘胜攻击武冈、永州一线，一旦永州失守，湖南的门户洞开，咱们可就真的前功尽弃了。
为了确保武冈、永州，大哥应当立即回师永州，只留下李懋祖克尽职守也就算了。丢卒保帅，赢得几天的备战时间，最少可以确保整个湖南的安全。大哥以为如何？”
孔有德何尝没有动这个心思，但眼睁睁地看着干练的李懋祖受死，实在心有不甘。“云台（耿仲明的字）啊！我也不是头一天当官了，这官场上的花活，心里明白。但李懋祖等人对咱们恭敬有加，人也精明强干的，想个主意，搭救他一下不好吗？”
耿仲明不满地看了孔有德一眼，为大将的，最少也要拿得起、放得下，说白了就是在计算得失的天平上，没有人情可讲。耿仲明和孔有德纵横军旅几十年了，跟随过毛文龙、孙元化、皇太极，不说别的，单是在山东登州一带造反的时候，连他杀人都杀得手软了，屠杀的百姓几十万计数，可孔有德神色如常，自己当时就服了，这就是老大和小弟的区别。没想到，老了老了，孔有德的心肠反倒软了起来，要是没有那三千伤兵的拖累，根本就不会有松山的惨败，现在，又想着搭救李懋祖？少了这味主料，全州的这道菜怎么还能做得出来呢？
想到这里，耿仲明不客气地瞅着孔有德，“大哥！近年来，您的心地越来越好了。自打跟了毛大帅起，你我兄弟的手上早就沾满人血了，这可是一辈子也擦不干净的了。再说，要想保住咱们今天的身家性命和地位，怎么可能那么干净，不沾上别人的血呢？
您兵退永州，还可以说是拱卫湖南，但带上李懋祖，全州就一个有份量的大臣都没有了，别人会怎么说，这要传到北京，说咱们擅离职守不为过吧！临阵脱逃，可就有杀头之罪的啊，我的大哥！”
孔有德点点头，语气很是迟疑，“那，给北京的奏折如何下笔啊？”
“这有何难？只字不提松山之战，只说兵进桂林，永历弃城而走，但勤王援兵大会桂林，我等兵少，战线过长，几次接战均不能胜，只好退回湖南。然后就说征战近年，兵士劳顿，恳请班师回朝不就结了！”
“班师回朝！”
“当然！就算留在湖南，转过年来，明军重整人马杀来，大哥以为就凭咱们兄弟手上的这点人马，湖南守得住吗？见事不好，早避为宜！难道要将一世的英名葬送在这里吗？”
孔有德轻轻拍了拍耿仲明的肩头，“云台的好意为兄心领了。但奏折可不敢这么写啊！摄政王是何许人啊！实话实说，尚有一线苟活的希望。一旦存了糊弄他的心思，大难就要临头了。
从云总是如此投机取巧，大祸将至啊！”
耿仲明哪里听得进去，哼了一声，扭脸大吃起来，再不理孔有德了。
（果然，不听孔有德劝告的耿仲明，在被封靖南王后，即提兵入粤。半路上，因偷偷收纳逃人之事泄露，多尔衮派人问话，隐瞒不报，被钦差用计捕得逃人。耿仲明为刑部以“逃人法”所弹劾，疑惧之下，自杀身死。多尔衮以其子耿继茂袭爵，所部也归入尚可喜调遣。）
第二天，孔有德升帐，留下一万七千人马交给李懋祖镇守全州，趁着明军没有合围，带上耿仲明、尚可喜、屯泰，领着一万八千精锐远遁而去了。
得知孔有德跑了，明磊严令不许追击，只用郝永忠、赵印选部攻打全州，一日即下。
史载：“十月十六日，明磊指挥三军进攻全州城，自辰至酉，炮伤敌副参顾有能等45人。十六日夜，赵印选督全营攻北关，郝永忠督全营袭南关，蒲镇一营攻西关。次日卯刻，胡一青先登城，生擒清巡抚李懋祖，押送桂林斩首。各营相继攻入，悉斩清军精锐。史称‘全州大捷’”。
至此，历史上有名的第二次桂林保卫战落下了帏幕，经过八次大战，五次进攻，明军不但保住了桂林，还一举收复了兴安、全州，全国震惊，连远在舟山的鲁王朱以海也不得不向永历帝上表祝贺，湖南各路降军更是和明磊他们书信往来不断。
大捷之后当然要有封赏，挨了刘六打的马吉翔，算是领教了明磊的利害，陪着永历帝回到桂林，第一件事就是来面见明磊。一见跪在地上的马吉翔，明磊冷冷地哼了一声，“恭喜啊！没有些许功劳的马老弟，凭此一战，也晋封文安侯了！”
吓得马吉翔赶紧叩头，“小人对国公爷的忠心可见日月。今愿奏闻上听，**贵标诸镇将从公征战，功不可泯，尚未颁爵赏。烦疏姓名，以便上闻。”
明磊当即找来徐云持，开了个单子，马吉翔哪敢起身，就趴在地上写下奏章，双手捧给明磊过目。
马吉翔离开也就一个时辰的功夫，永历帝就依马吉翔所奏拟诏：明磊已经是七省督师，惠国公，官无可升，便被赏了惠国公世袭罔替；封刘国华（刘六）为江宁侯，世袭罔替；陈慎为武陟侯，世袭罔替；陈敬廷为博兴伯、张天广为宣平伯、沈一恒为宝丰伯、陈锦泽为新泰伯、范文祺为奉化伯、徐骙为乐安伯、阎尔梅为镇安伯，邱辉、刘希尧、陈上川、廖羽、童以振、陈课、高致嵩、赵冠坡为都督同知。
明磊到瞿式耜的府上可说熟门熟路，也不让人通禀，就一个人从都指挥使司衙门的东侧门进了院子。院中静悄悄的，看不见持刀拿枪的侍卫，只有几名家丁模样的人，散站在各处。瞿府的老管家紧跑过来陪着明磊，从一个月亮门走进内院，院中种满了菊花，金黄一片。
“听说你家大人这两天身体贵恙啊？”
“是！我家老爷染了风寒，已经躺了两天了。”
说话间，明磊走到一间有镂花门窗的房间门外，老管家赶紧低声叫道：“老爷，惠国公来了。”
明磊进了屋子，见卧室内布置得十分简朴，地下一桌一椅，桌上除了文房四宝别无他物，床上的被褥都用青色的素布制成。已经年过五旬的瞿式耜本来就很清瘦，现在越发显得眉骨很高了。
瞿式耜倚枕坐了起来，“干什么？来给我瞧病吗？”
明磊朗声大笑道，“你这病，不看我也能一语中的。除了外感而外，绝对中焦火旺，对朝局腹诽不已啊！”
说着，又将诏书和徐云持拟写的单子扔给了瞿式耜。“看看吧！这是马吉翔那厮，为了显示自己可以左右朝政，跑到我那里献媚的成效！”
平心而论，明磊渐渐地对瞿式耜和大明朝还是有了感情的。再往自立建国的道上走，对内早晚要和瞿式耜等忠臣决裂，对外还有孙可望、李定国、郑成功的威胁，凶险难料啊！但凡南明的朝局象回事儿，自己就此做个安分的臣子也未尝不可。
但，明磊所闻所见，实在太令他失望了，连马吉翔都可以威福自操了，明磊岂是不满而已，已然生出要壮大自己的文官队伍，进而左右朝局的**头，当然，首先就要得到瞿式耜的支持了。
看着瞿式耜满头紧锁，不停地咳嗽，明磊动情地叹息道：“人言马皇帝，岂不信哉！懋赏不典也，五等显秩也，爵人于朝，与士共之。乃于一座之顷，呼吸如意，何其神也？我弃娇妻为国家尽忠，惟望中兴有成，庶不虚负，今见权奸如此，宁有济哉！”
听了明磊的话，瞿式耜激动得好悬没背过气去，半天才止住咳嗽，一把拉住明磊的手，恳切地说：“我等竭力致死，靡有二心，所谓百折不回者矣。唯我朝二百七十余年养士之报，其在斯乎！其在斯乎！
今仰仗璞麟神勇，全军将士用命，率克清军，保全广西，湖南亦止日可下；大好形势，怎可夭折？
圣上年幼失察，为兄在内，璞麟在外，中兴必可成矣！万勿言弃！万勿言弃啊！”
明磊轻拍着瞿式耜的手背，看着急得浑身冒汗的他，也感动得两眼含泪，只是点头，半天没有说出话来。
足足一盏茶的功夫，俩人平静下来，瞿式耜机警地看了明磊一眼，“我是不是又被你小子骗了？象你这种人怎么会轻易言弃，怕是早有对策，只是前来激我吧！”
明磊一愣，“瞧你说得！我受了委屈，可不只能到你这里来发泄一下，敢跟什么人说啊？至于主意，一路上倒是想了一个，当然也要和你商量，可没你想得那么不堪啊！”
说着，亲自倒了一杯茶递给瞿式耜，“以前我严守为臣之道，圣意天裁，从来没想过借着势力干涉朝局，只想清清白白的做人。现在，我看明白了，左右圣上是不打算大权独揽了，咱们不把持朝政，就有小人把持。既然如此，我打算让王思任入阁做大学士，与你相呼应，再启用一批新进乡试、殿试的新人，给这个阴郁的朝局吹进些许新风，你以为如何？”
说实话，明磊的班底里面，瞿式耜还就是看王思任最顺眼，王思任正经也是崇祯朝的三甲出身，隆武朝的礼部左侍郎，确实有资格为相。再想到马吉翔的乱政，看来自己再不有所动作，真是不行了。于是，瞿式耜提出自己的亲信鲁可藻（和州人，以明经令新城，政最，擢御史），是不是也可以借着此次军功，特晋为广西巡抚？
明磊点头，于是，一个共同把持朝政的同盟就此形成了。
第二天，瞿式耜上朝面圣。永历帝以保桂林之功，晋瞿式耜兼太子太师，加封桂世伯。
瞿式耜跪下请辞曰：“本朝封拜文臣，自王威宁、王新建外，指不多屈。或怜臣死守孤城，谓省会无虞，不妨破格以行鼓励。其如贻笑四方何？”不拜。
明磊借机也上奏，为部下请辞封爵，于是，圣旨下，桂林一战，所授爵位取消，马吉翔的文安侯也就此被剥夺了。同时，任命王思任为大学士，鲁可藻巡抚广西，并启用一大批新进的进士为给事中和各部主事，从此朝局为之一变。
后来，按照钱秉镫《所知录》中的描述：“朝士有东西之分，自东粤来者，以军功气凌西人；而西人多是早年随驾至者。久之，遂分吴、粤两局。
主持吴局者，阁臣朱天麟、吏部侍郎吴贞毓、给事张孝起、李用楫，外则制辅堵胤锡也；而江右之王化澄、万翱、雷德复，蜀中之程源、粤东之郭之奇实为之魁。
主持粤局者，丁时魁、蒙正发、袁彭年，桂林留守瞿式耜亦每事关白，居然一体矣。凡自湖南、广西随驾至，出于督师（周明磊）、留守（瞿式耜）门者，大半归粤。吴人谓粤东恃明磊、西恃留守；实则吴亦内倚马吉翔、外倚陈邦傅，特其踪迹秘密，不似时魁等招摇人耳目耳。其他人则浮沉吴、楚之间，或无所依附。”
以上，只是局外人的一面之辞，实际上，用赵冠坡的说法：永历朝廷内并不存在什么吴党。所谓的“吴党”是粤党把与自己意见向左的人通通指责为结党营私。
堵胤锡、王化澄、朱天麟在永历朝廷里是比较正直的大臣，他们几个无非是赞成联合原农民军共同抗清，在政治见解上比较相似，就被编派为什么“吴党”头子。他们既没有同陈邦傅、马吉翔私下相勾结，也没有抱成一团，干操纵朝政的事，根本谈不上结党营私！
粤党则是根据当年明磊和瞿式耜的议定而确实存在的，但这个组织的领袖却不是明磊，而是他的大舅子王思任和瞿式耜。原因很简单，明磊从来就没把南明的朝政放在心上过，当初安排王思任入朝为阁臣，一来自己身边正经八百的进士出身只有王思任一个；二来，他是广东的学政，凡是新进中举的举人们全是他的门生。在明磊心目中，只要永历朝局稳定，不给自己拖后腿，就行了，才没有精神顾及它的那些是是非非呢！
而明磊和瞿式耜俩人，虽然是盟友，但其实在许多政见上是相左的。最根本的一件就是对待李赤心、高必正和郝永忠等这些当年李自成的大将的态度上。明磊看重的是这些名将的战斗力，当然真心实意地善待他们；而瞿式耜却认为正是这些人逼死的崇祯帝，亲手葬送了大明的江山，视他们为仇人、为“贼”。
这也不能责怪王思任和瞿式耜，虽然他们和阎尔梅一样，都对崇祯有着深厚的感情，但他们的见识赶不上阎尔梅，也不能控制自己的情绪。
其实这也情有可原的！在他们眼里，阎尔梅也就是个布衣之家的出身，而他们都是真正的世家子弟，是大明朝的“正脉”，沐浴的皇恩岂是明磊、阎尔梅之流能想象的？
对于前朝，他们满心的眷恋，根本就没有触及灵魂地深刻反省过崇祯一朝的失政，记忆里全是当年的高贵出身和如今对出身卑微者当道的失意。如此，怎么能不愤恨那些毁掉他们美好旧秩序的闯贼一党，不天经地义地认为既要抗“虏”，又要平“贼”的方针是正确无比的呢？
王思任和瞿式耜正因为俩人政见惊人的相同，现在又能互相帮衬着，胆气也就壮了，对明磊善待那些“贼”劝谏再三。对明磊尚且如此，对那些主张联“贼”的大臣们，当然更是认定为一党，岂能容之！
结果，每当他们所谓的吴党领袖堵胤锡、王化澄、朱天麟等几人，被粤党所迫害甚急的时候，总是得到了一手创建这个局面的明磊的帮助和信任，真算是件历史奇闻了。